计算每个细胞的CNV score或者判断每个细胞是否是癌细胞

文献《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma》

文献中的结果

一、文献中的方法

文件：run.final.infercnv_obj；

infercnv_obj = readRDS("run.final.infercnv_obj")
expr.data = infercnv_obj@expr.data

将expr.data 进行scale到[-1,1]；
最后计算每个细胞的平方和。（代码待补充）

二、软件作者提供的方法

文件：17_HMM_predHMMi6.hmm_mode-samples.infercnv_obj；

HMM = readRDS("17_HMM_predHMMi6.hmm_mode-samples.infercnv_obj")
expr.data = HMM@expr.data

该expr.data不是连续值，而是对每个细胞，每个基因位置的CNV状态。

State 1: 0x: complete loss
State 2: 0.5x: loss of one copy
State 3: 1x: neutral
State 4: 1.5x: addition of one copy
State 5: 2x: addition of two copies
State 6: 3x: essentially a placeholder for >2x copies but modeled as 3x.

如果计算每个细胞的level，需要(state -3)/2。(注意如果有state 6 ，需要将state6 改为state 5)
方法来源 inferCNV wiki

https://github.com/broadinstitute/infercnv